|
|
Taxonomic classification of yeasts associated with meadow plants
Čurillová, Natália ; Ing.Hana Dudášová, Ph.D. (oponent) ; Horváthová, Ágnes (vedoucí práce)
In total 60 yeast strains isolated from meadow flowers were selected for identification using MALDI-TOF biotyping. Selected yeast strains were prepared according to standard (Bruker) method and method developed at Institute of Chemistry SAS in Bratislava for MALDI-TOF yeast identification. To acquire valuable data two cultivating media were used. The principle of identification embody in comparing obtained mass spectra according to the score of selected yeast strain isolated from meadow plants, formerly identified by physicobiochemical properties (verification of their taxonomic classification) or the new isolates (their identification) with mass spectra of the reference yeast cultures. Reference yeast cultures were identified by sequencing the D1/D2 of 26S rRNA domain. In total 53 yeast strains were identified by biotyping at species level. The remaining 7 yeast strains were designed to be identified by sequencing the D1/D2 26S rRNA domain as the reference mass spectra were not available. The highest abundance of yeast species was as follows Metschnikowia pulcherrima (12 %), Rhodotorula spp. (12 %), Cystofilobasidium infirmominiatum (10 %), Metschnikowia reukaufii (7 %), Metschnikowia fructicola (7 %), Sporobolomyces metaroseus (7 %), Hanseniospora uvarum (5 %), Rhodotorula mucilaginosa (5 %), Meyerozyma guillermondii (5 %), Cystofilobasidium macerans (3 %) a Rhodotorula dairenensis (3 %), and yeast strains of species Candida bombi, Pichia kudravzievii, Cystofilobasidium capitatum, Cystofilobasidium macerans, Solicoccozyma aeria, Sporidiobolus salmonicolor, Papiliotrema flavescens, Sporidiobolus metaroseus, Sporidiobolus pararoseus and Cryptococcus wieringae were identified as well. In general, the most diverse abundance of yeast species were isolated from meadow plants comparing to the older studies.
|
|
|
Využití separačních a hmotnostně-spektrometrických technik v diagnostice Alzheimerovy choroby
Lebertová, Lucie ; Cvačka, Josef (vedoucí práce) ; Kozlík, Petr (oponent)
Tato diplomová práce je zaměřena na přípravu kovalentně zesítěných oligomerních forem amyloidu beta a jejich analýzu pomocí SDS-PAGE a MALDI-TOF. Kovalentně zesítěné oligomerní formy Aβ(1-42) byly tvořeny pomocí chemické a enzymatické reakce. Prokřížení řetězců amyloidu beta vzniká přes aminokyselinový zbytek tyrosinu za vzniku kovalentní vazby, přičemž takovéto kovalentní zesítění vede ke stabilizaci oligomerní struktury, což umožňuje zlepšení analýzy oligomerů amyloidu beta. Vývoj metod pro detekci a kvantifikaci oligomerů amyloidu beta může být značným přínosem pro diagnostiku Alzheimerovy choroby, protože právě oligomerní formy amyloidu beta jsou nejvíce spojovány s patologií Alzheimerovy choroby. V teoretické části je popsána Alzheimerova choroba s uvedenými problémy v časné diagnostice a terapii. Dále jsou uvedeny základní informace o amyloidu beta a popsány analytické metody separace a detekce amyloidu beta používané ve výzkumu. Experimentální část se zabývá optimalizací analytických metod MALDI-TOF a SDS-PAGE. V metodě MALDI-TOF byly pro stanovení Aβ(1-42), jako vhodné matrice, vybrány matrice kyselina 2,5-dihydroxybenzoová a kyselina sinapová. Nejvhodnější metoda nanášení vzorku na MALDI desku pro analýzu Aβ(1-42) byla metoda vyschlé kapky. Optimalizací metody SDS-PAGE bylo zjištěno, že...
|
|
|
Průkaz rezistence na echinokandinová antimykotika u Candida sp. pomocí molekulárně biologických metod
Vitáčková, Petra ; Chrenková, Vanda (vedoucí práce) ; Nyč, Otakar (oponent)
Invazivní infekce vyvolané rodem Candida, zvláště pak jeho nejvýznamnějším zástupcem C. albicans, patří mezi vážné komplikace, zejména u imunokompromitovaných pacientů. Případný výskyt rezistence k jednotlivým antimykotikům značně komplikuje terapii invazivních mykóz a zvyšuje morbiditu a mortalitu u těchto pacientů. Cílem této práce bylo zavedení rychlé metody detekce rezistence na kaspofungin prostřednictvím hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. Testování bylo prováděno na referenčním kmenu C. albicans CCM8261 a kmenu C. albicans M30 s prokázanou rezistencí na echinokandiny. K měření bylo použito dvou různých nastavení přístroje a pro následné vyhodnocení získaných spekter byla využita korelační a shluková analýza (dendrogram). V průběhu analýzy bylo zjištěno, že publikované nastavení měření nelze aplikovat, neboť pro každý hmotnostní spektrometr je vždy nutno pracovat s nastavením od výrobce. Pomocí shlukové analýzy se podařilo odlišit citlivý a rezistentní kmen. Kvalita získaných spekter byla relativně nízká, což mohlo být způsobeno použitím nevhodného kultivačního média. Shluková analýza prokázala možnost stanovení citlivosti pomocí hmotnostní spektrometrie, nicméně další pokusy zohledňující poznatky získané v této studii budou nutné pro případné zavedení metody do rutinní praxe. Powered by TCPDF...
|
|
|
Taxonomic classification of yeasts associated with meadow plants
Čurillová, Natália ; Ing.Hana Dudášová, Ph.D. (oponent) ; Horváthová, Ágnes (vedoucí práce)
In total 60 yeast strains isolated from meadow flowers were selected for identification using MALDI-TOF biotyping. Selected yeast strains were prepared according to standard (Bruker) method and method developed at Institute of Chemistry SAS in Bratislava for MALDI-TOF yeast identification. To acquire valuable data two cultivating media were used. The principle of identification embody in comparing obtained mass spectra according to the score of selected yeast strain isolated from meadow plants, formerly identified by physicobiochemical properties (verification of their taxonomic classification) or the new isolates (their identification) with mass spectra of the reference yeast cultures. Reference yeast cultures were identified by sequencing the D1/D2 of 26S rRNA domain. In total 53 yeast strains were identified by biotyping at species level. The remaining 7 yeast strains were designed to be identified by sequencing the D1/D2 26S rRNA domain as the reference mass spectra were not available. The highest abundance of yeast species was as follows Metschnikowia pulcherrima (12 %), Rhodotorula spp. (12 %), Cystofilobasidium infirmominiatum (10 %), Metschnikowia reukaufii (7 %), Metschnikowia fructicola (7 %), Sporobolomyces metaroseus (7 %), Hanseniospora uvarum (5 %), Rhodotorula mucilaginosa (5 %), Meyerozyma guillermondii (5 %), Cystofilobasidium macerans (3 %) a Rhodotorula dairenensis (3 %), and yeast strains of species Candida bombi, Pichia kudravzievii, Cystofilobasidium capitatum, Cystofilobasidium macerans, Solicoccozyma aeria, Sporidiobolus salmonicolor, Papiliotrema flavescens, Sporidiobolus metaroseus, Sporidiobolus pararoseus and Cryptococcus wieringae were identified as well. In general, the most diverse abundance of yeast species were isolated from meadow plants comparing to the older studies.
|
|
|
Detekce mikroorganismů v pasterizovaném mléce pomocí hmotnostní spektrometrie
SZABOVÁ, Martina
Cílem diplomové práce bylo stanovit celkové počty mikroorganismů a detekovat jednotlivé mikroorganismy pomocí hmotnostní spektrometrie. V období od června do prosince roku 2017 bylo celkem vyšetřeno 35 vzorků pasterizovaného mléka ze dvou mléčných automatů (Hodkovice, Suchdol). Pro porovnání byly vzorky rozděleny na odběr v teplejších (červen září) a chladnějších (říjen - prosinec) obdobích roku. V každém vzorku mléka byl stanoven celkový počet mikroorganismů a byla provedena detekce mikroorganismů pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. Celkové počty mikroorganismů se ve vyšetřovaném pasterizovaném mléce pohybovaly od 3,27 log KTJ/ml do 7,35 log KTJ/ml. Pomocí hmotnostní spektrometrie se ve vzorcích identifikovalo 210 mikroorganismů patřících do 20 čeledí grampozitivních i gramnegativních bakterií a jednoho zástupce eukaryotních mikroorganismů. Nejčastěji se identifikovatelní zástupci řadili do čeledi Enterobacteriaceae.
|
|
|
Průkaz rezistence na echinokandinová antimykotika u Candida sp. pomocí molekulárně biologických metod
Vitáčková, Petra ; Chrenková, Vanda (vedoucí práce) ; Nyč, Otakar (oponent)
Invazivní infekce vyvolané rodem Candida, zvláště pak jeho nejvýznamnějším zástupcem C. albicans, patří mezi vážné komplikace, zejména u imunokompromitovaných pacientů. Případný výskyt rezistence k jednotlivým antimykotikům značně komplikuje terapii invazivních mykóz a zvyšuje morbiditu a mortalitu u těchto pacientů. Cílem této práce bylo zavedení rychlé metody detekce rezistence na kaspofungin prostřednictvím hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF. Testování bylo prováděno na referenčním kmenu C. albicans CCM8261 a kmenu C. albicans M30 s prokázanou rezistencí na echinokandiny. K měření bylo použito dvou různých nastavení přístroje a pro následné vyhodnocení získaných spekter byla využita korelační a shluková analýza (dendrogram). V průběhu analýzy bylo zjištěno, že publikované nastavení měření nelze aplikovat, neboť pro každý hmotnostní spektrometr je vždy nutno pracovat s nastavením od výrobce. Pomocí shlukové analýzy se podařilo odlišit citlivý a rezistentní kmen. Kvalita získaných spekter byla relativně nízká, což mohlo být způsobeno použitím nevhodného kultivačního média. Shluková analýza prokázala možnost stanovení citlivosti pomocí hmotnostní spektrometrie, nicméně další pokusy zohledňující poznatky získané v této studii budou nutné pro případné zavedení metody do rutinní praxe. Powered by TCPDF...
|
|
|
Studium složení a organizace enzymového systému cytochromu P450 technikou kovalentního síťování
Koberová, Monika ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Hansíková, Hana (oponent)
Systém oxygenas se smíšenou funkcí (MFO systém) se významnou rolí podílí na metabolismu endogenních sloučenin i xenobiotik. Tento systém obsahuje cytochrom P450, NADPH:cytochrom P450 reduktasu a také jsou k němu přiřazovány NADH:cytochrom b5 reduktasa a cytochrom b5. Bylo prokázáno, že cytochrom b5 může stimulovat nebo inhibovat reakce katalyzované cytochromy P450, a dokonce může měnit poměr vzniklých metabolitů. Mechanismus působení cytochromu b5 nebyl dosud zcela objasněn. Zjištění protein-proteinových interakcí v MFO systému a určení topologie tohoto systému by mohlo pomoci k objasnění mechanismu působení cytochromu b5. Vhodnou metodou pro identifikaci protein-proteinových interakcí uvnitř membrány je technika kovalentního síťování. Cytochrom b5 obsahuje 3 methioniny, z čehož jsou 2 lokalizovány v C-terminální membránové kotvě. Po záměně těchto dvou methioninů za fotoaktivovatelný analog methioninu (foto-methionin) a následné fotoaktivaci lze určit interakce s cytochromem P450 v membránovém prostředí. Tato práce se zabývá expresí a izolací foto-cytochromu b5 (foto-cyt b5), analogu cytochromu b5 s inkorporovaným foto-methioninem. Podmínky pro inkorporaci foto- methioninu do cytochromu b5 byly optimalizovány a protein byl purifikován s výtěžkem 7,2 mg z 1 l bakteriální suspenze. Izolovaný foto-cyt...
|
|
| |
|
|
Influence of the laser power and analyte concentration on the results in MALDI-TOF MS of oligosaccharides
Čáslavský, Josef ; Chmelík, Josef
MALDI-TOF MS has been successfully applied for the analysis of a wide range of organic biopolymers including oligosaccharides. We focus our attention to the group of oligosaccharides occuring in beer and in malting and mashing products, which are mainly oligosaccharides containing from 3 to more than 30 glucose units in their molecules. We tried to evaluate various factors influencing the obtained results. We found that the shape of the spectrum depends significantly on the energy of ionising laser pulse and also on the amount of the analyte on the MALDI target. These effects were studied with standard mixtures as well as with real samples.
|
host ::
RSS.